Vlada Republike Slovenije se je s sklepom 7. 10. 2004 seznanila s Programom razgradnje Nuklearne elektrarne Krško in odlaganja nizko in srednje radioaktivnih odpadkov ter izrabljenega jedrskega goriva (Program razgradnje NEK). Program razgradnje NEK je določil novo višino prispevka za razgradnjo. Podjetju GEN energija, d. o. o., je Vlada Republike Slovenije naložila, da z naslednjim mesecem po potrditvi Programa razgradnje NEK na Meddržavni komisiji prične vplačevati v Sklad NEK prispevek v višini 3 EUR za vsako prevzeto MWh električne energije, ki je proizvedena v NEK.

Finančni načrt Sklada za leti 2010 in 2011 je izdelan na podlagi celotne predvidene proizvodnje električne energije v NEK za leto 2010 v višini 5.390 GWh in za leto 2011 v višini 5.900 GWh. Kot podlago pri načrtovanju prihodkov in odhodkov je sklad uporabil dokument Ministrstva za finance »Proračunski priročnik 2010-2011, zvezek 1.« 

Sklad sme sredstva nameniti za pripravo projektov za varno in končno odlaganje izrabljenega goriva in radioaktivnih odpadkov iz NEK ter varno razgradnjo NEK, za izvedbo projektov za varno končno odlaganje izrabljenega goriva in radioaktivnih odpadkov iz NEK, za izvedbo projekta za varno razgradnjo NEK in za zagotavljanje finančnih sredstev za poravnavanje obveznosti, kakor jih določa UV8.

Sklad je pri izdelavi finančnega načrta upošteval podatke za plačilo nadomestila občinam Krško, Brežice, Kostanjevica na Krki, Kozje in Sevnica za odlagališče NSRAO, ki ga določa Uredba o merilih za določitev višine nadomestila zaradi omejene rabe prostora na območju jedrskega objekta.

Pri izdelavi finančnega načrta je Sklad NEK upošteval sofinanciranje dejavnosti Agencije za radioaktivne odpadke, ki so vezane na zagotavljanje pogojev za umeščanje odlagališča NSRAO in za izvajanje dejavnosti, ki so povezane s pripravo Programa razgradnje NEK. Odhodki za sofinanciranje programa dela Agencije za radioaktivne odpadke za leti 2010 in 2011 so predvideni na osnovi programskih izhodišč Agencije za radioaktivne odpadke. Predvideni odhodki za leto 2010 so 10.317.992 EUR in v enakem znesku za leto 2011.

Sklad namerava v letu 2010 povečati sredstva za plače in druge izdatke zaposlenih za 2,59 %, v letu 2011 pa še za dodatnih 1,86 %.  Stroški plač in regresa v Finančnem načrtu Sklada NEK za leti 2010 in 2011 so načrtovani skladno z izhodišči za pet redno zaposlenih sodelavcev.

51.442 EUR namerava Sklad letos nameniti za nakup opreme za posodobitev računalniškega sistema, zagotovitev primernega arhiva, zagotovitev sredstev za odpravo morebitnih okvar ter opreme za varovanje v letu 2010. Sredstva za nakup opreme so bila odobrena že s potrditvijo finančnega načrta za leti 2009 in 2010, vendar sklad nakupov v letu 2009 ni realiziral.

Sklad neprofitnim organizacijam in ustanovam v letih 2010 in 2011 ne namerava nameniti nobenih sredstev kot prispevke in donacije, katerih namen je vzpodbujanje sprejemljivosti jedrskega objekta v lokalnih skupnostih ter širjenje in vzpodbujanje znanja na področju tehnične kulture.

 
V letu 2010 Sklad NEK načrtuje za 1,7 mio EUR presežka prihodkov nad odhodki in za 0,5 mio EUR presežka prihodkov nad odhodki v letu 2011. 

Finančne naložbe v letu 2010 in 2011 Sklad NEK načrtuje po Naložbeni politiki za leto 2010.